Отверстия в шатуне и крышке параллельны должны быть. Межцентровое одинаково, ессно. Можно просто два прутка шлифованных вместо болта вставить - не параллельность будет видна в случае деформации. Разность в межцентровом - крышку не надеть будет, отверстия не совпадут. Плюс плоскость разъёма - прилегать должны плотно, без просвета.
Обычно это место деформируется при черезмерной затяжке при неточности в плюс изготовления вкладышей, подточке нижней крышки (давление пропало - щас по асфальту повозим и капиталка сделана) без подточки вкладыша либо при перетяжке болтов. Чуть не совпало отверстие под шплинт - крутим до следующего. Шляпкой болта при этом раздаётся отверстие как в шатуне, так и в крышке с общей деформацией отверстия под вкладыш.
Не совпало - возьми другую гайку!
А у тебя крышки часом не перепутаны? Мотор ранее разбирался?